Created to track the simulate the spread of Coronavirus (COVID-19). Case data is obtained over the web and fitted to a logistic model to predict epidemic spread over time.
To operate load the folder containing the script COVID19Modelingv2 and type the following code in the command prompt: COVID19Modelingv2("country").
example: COVID19Modelingv2("US"). Multiple countries can be analyzed at the same time by placing them in a list: COVID19Modelingv2("US","Italy").
The model was created by Milan Batista (fitVirus). The model is a data-driven model that fits epidemic data to a logistic curve. The goal of the model is to make local predictions about the viral spread and epidemic duration. The model can be used to provide accurate approximations in certain situations. "The regression convergence may fail for a pure initial guess or small data set. Therefore the method does not apply to the early stages of an epidemic. Also, results are useless if the regression statistic does not meet minimum criteria, say R^2 > 0.8, p-value < 0.05." (Milan Batista)
DISCLAIMER: Model will fail in certain situations. A rigorous statistical analysis should be performed on all results. The model fails when additional epidemic stages (not described by logistic function) are encountered. Use at your own discretion.
See for more info:
https://www.researchgate.net/publication/339912313_forecasting_of_final_covid-19_epidemic_size_200320
数据在线存储，并通过来自各种来源的Jhu CSSE提供，包括：
"The World Health Organization (WHO), DXY.cn. Pneumonia. 2020, BNO News,
国家卫生委员会人民卫生委员会？中华民国（NHC），
中国CDC（CCDC），香港卫生部，澳门政府，美国CDC，加拿大政府，澳大利亚政府卫生局，欧洲疾病预防和控制中心（ECDC）和卫生部新加坡新加坡（MOH）“
On the figure, the epidemic rate is plotted with a blue line (cases/day). Blue dots are the actual infection rate (cases/day). Region colors separate epidemic transition phases:
红色 - 快速增长阶段
黄色 - 过渡到稳态阶段
绿色 - 结局阶段
Cite As
JM2（2021）。Covid-19型号(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74632-covid-19-modeling), MATLAB Central File Exchange. Retrieved。
评论和评级（34）
马铃薯Release Compatibility
平台兼容性
Windows 苹果系统 Linux.Categories
标签
选择一个网站
Choose a web site to get translated content where available and see local events and offers. Based on your location, we recommend that you select:。
Select网站您还可以从以下列表中选择一个网站：
>>COVID19Modelingv2('China')
Error using COVID19Modelingv2 (line 94)
Row index exceeds table dimensions.
怎么可能修复？
抱歉错误
covid19modelingv2（'美国'）
Error using COVID19Modelingv2 (line 47)
表变量名称必须是字符向量。
Error using COVID19Modelingv2 (line 47)
表变量名称必须是字符向量。
尤金，
3个参数逻辑模型拟合数据。
这是一种形式：a /（1 + b * exp（-c * t））
最好，
Josh
该计划效果精美。我有一个例程来拟合逻辑的连续形式，但我的略微不同（较低）的k。我需要追踪你在逻辑的基础上拟合3参数模型的方式只是r＆k。
Error using livemapcovid19 (line 46)
表变量名称必须是字符向量。
（matlab2018a）
updated
requires optimization toolbox that is not currently stated in submission.
以下是状态级数据的源：https://covidtracking.com/data/
原始数据仍然存在，但不再更新。
Hi Kirtis,
原始数据集由源中停止。看“https://data.humdata.org/dataset/novel-coronavirus-2019-ncov-case.“。
Unfortunately, there is nothing I can do about this. I did not originally intend for this model to provide state-level modelling. I'll let you know if I find a new data source.
Josh
I don't see the United States broken out in the input file on the web path that feeds the result variable. A prior version had a source path for result that had data for US and each state broken out. That was needed for assisting in regional planning.
当我运行此版本时，我收到以下错误 - >输出参数太多。
Can we get those source data by state restored to the excel file in the input path? And a confirmation that the other are seeing the same error that I am?
优秀作品。跑得很好。谢谢你的辛勤工作。
修复了所有兼容性问题（希望）
Hi Suksan. This is a compatibility issue that I am still trying to resolve. The code runs fine on my version (2019b).
出色的工作，但是当我运行代码时，它给了我这个错误：
Unrecognized property 'PreserveVariableNames' for class
'matlab.io.text.delimitedTextimportoptions'。
Error in fitVirusCV19v3 (line 132)
opts.PreserveVariableNames = true;
嗨摩根，
我正在运行2019B没有问题。导入数据必须有一个兼容性问题。我会采用更强大的方法。
Josh
使用版本R2020A接收此错误。
使用Covid19Modelingv2（第62行）错误
重复表变量名称：'nan'。
嗨Tsotne。我从其他用户那里听到这是一个兼容性问题。最简单的修复是将MATLAB升级到2019B或更新。
“从R2019B开始，变量名称和行名称可以包括任何字符，包括空格和非ASCII字符。此外，它们可以从任何字符开始，而不仅仅是字母。变量和行名不必是有效的matlab标识符（如由ISVARName函数决定）。要保留这些变量名称和行名称，请将preservevariablenames设置为true。“
非常感谢您的工作。我有这个特殊的错误
类'matlab.io.text.delimitedTextimportoptions的“parewevariablenames”无法识别的属性'preservevariablenames'。
Covid19modelingv2中的错误（第24行）
opts.PreserveVariableNames = true;
What should I do?
嘿，每个人，我试图看一下文件的哪个部分是空的。我找不到它，你能帮我吗？我继续收到消息：
使用matlab.io.ie.text.textimportoptions / set.dataline（第73行）错误
DataLine必须是正整数。
Covid19modelingv2中的错误（第23行）
opts.dataline = [2，INF];
我正在使用R2017B.
谢谢！
Thanks Kirtis. I’ll try and reach out to the people that maintain the dataset. It’s very dynamic so hopefully it’ll be updated soon.
嘿大家。这正常工作，但已经停止了。请注意，此模型的死亡文件的更新取决于第3/21列失败。如果有人可以访问该列，则会开始工作增益。否则解决方法。将文件拉到本地文件夹，然后使用可读取的而不是
Webrabread（'https://proxy.hxlstandard.org/api/data-preview.csv?url=https%3a%2f%2fraw.githubusercontent.com%2fcssegisanddata%2fcovid-19%2fmaster%2fcsse_covid_19_data%2fcsse_covid_19_time_series%2ftime_series_19-covid-deaths。csv＆filename = time_series_2019-ncov-deaths.csv
如果您在本地文件夹中的3/21中修复了3/21的空数据，请在本地文件夹和我们下行，在线文件固定之前，它将工作增益。
％使用本地数据，因为在线数据似乎发生在此刻
结果= readtable（'time_series_2019-ncov-confirmed.csv'）;
deathresult = readtable（'time_series_2019-ncov-deaths.csv'）;
iLplus30我有同样的错误。我相信它是一些版本的兼容性问题。我能够通过对代码进行一些更改来运行我国的脚本。对于特定问题，解决方案是改变代码Opts.datalines = [2，INF];选择.Dataline = [2，INF];因为OPTS中没有DataLines变量。
嗨IIPlus30。这是您版本的MATLAB中最有可能的兼容性问题。其他用户和我没有遇到此错误。你在运行什么版本？
类MATLAB.IO.TEXT.DELIMITEDTEXTIMPORTOPTIONS中没有公共属性Datalines。
Covid19modelingv2中的错误（第23行）
opts.DataLines = [2,inf];
Is this working correctly for everyone?