对齐

将读取映射到引用序列

使用领结1 (领结)及领结2 (bowtie2)对齐功能。蝴蝶结1用于对齐相对较短的读数(最高50 bp)。蝴蝶结2更适合长于50 bp的读取，并提供了多个优点，包括单端和对端读取支持，本地和端到端对齐支持，以及带有仿射惩罚的间隙对齐。万博1manbetx

功能

`领结`	使用Burrows-Wheeler变换将短读映射到引用序列
`bowtiebuild`	使用Burrows-Wheeler变换生成索引
`bowtie2`	映射序列读取到引用序列
`bowtie2build`	从引用序列创建蝴蝶结2索引文件
`bowtie2inspect`	检查蝴蝶结2索引文件
`bwaindex`	从引用序列创建BWA索引
`bwamem`	利用BWA将图谱序列读取到参考基因组
`align2cigar`	将对齐的序列转换为相应的雪茄格式的签名
`cigar2align`	使用雪茄格式的签名将未对齐的序列转换为对齐的序列

使用Genomics Viewer应用程序查看细胞色素p450基因单核苷酸变异的NGS比对数据。

下载并安装用于NGS工作流程的生物信息学支持包。万博1manbetx