主要内容

基因变异分析

发现、分析和可视化遗传变异，如拷贝数变异(CNVs)和单核苷酸多态性(SNPs)

功能

cghcbs 对基于阵列的比较基因组杂交(aCGH)数据进行圆形二进制分割(CBS)
cghfreqplot 显示频率的DNA拷贝数改变跨越多个样本
chromosomeplot 绘制g带型染色体表意图
gcrma 执行GC稳健多阵列平均(GCRMA)背景调整、分位数归一化和中位数打磨汇总Affymetrix微阵列probe-level数据
gcrmabackadj 执行GC稳健多阵列平均(GCRMA)后台调整Affymetrix利用序列信息的微阵列探针级数据
垫 执行双样本t检验来评估来自两种实验条件或表型的基因的差异表达
mafdr 估计多假设检验的阳性错误发现率
mavolcanoplot 创建微阵列数据的显著性与基因表达比(折叠变化)散点图
mairplot 创建微阵列数据的强度与比率散点图
maboxplot 为微阵列数据创建盒状图
maloglog 创建微阵列数据的对数图
mapcaplot 创建微阵列数据的主成分分析(PCA)图
nbintest 小样本量计数数据的不配对假设检验

类

DataMatrix 创建DataMatrix对象
DataMatrix对象 封装微阵列实验数据和元数据的数据结构，可根据基因或探针标识符和样品标识符对其进行索引
NegativeBinomialTest 未配对假设检验结果