今天我们有两位客座博主，Lisa Kempler和Pradeep Ramamoorthy，他们在马萨诸塞州Natick的MathWorks工作，支持和开发研究人员的在线工具。万博1manbetx他们的帖子谈到了一个相对较新的代码共享平台，Code Ocean。

目录

什么是Code Ocean?

代码的海洋是一个基于云计算的平台，旨在进一步提高计算再现性和开放研究。该网站可以通过网络浏览器访问，使研究人员能够分享与他们发表的研究相关的代码和数据。访问该网站的用户可以查看并运行代码，从而验证代码产生了原始研究论文中描述的结果。该平台支持多种编程语言，包万博1manbetx括MATLAB。

为了更方便地访问代码和数据，code Ocean最近宣布能够导出计算胶囊：

https://medium.com/codeocean/new-compute-capsules-now-exportable-from-code-ocean-54b5bacb3e0e

用户现在可以下载这些代码胶囊或容器——代码、数据和计算环境的封装——以便重用和构建已发布的研究和代码，包括计算环境。下载包含MATLAB代码的计算胶囊的MATLAB用户可以在本地计算机上运行代码并查看相关结果。

从开放科学到可重复使用的研究

长期以来，出版商和资助机构一直大力推动可复制研究，希望确保研究得到充分审查。好的、可验证的研究有两个主要好处:1)出版物提供了高价值的信息，2)那些做后续研究的研究人员可以自信地建立在同行的工作基础上。

研究人员利用历史研究的愿望导致了围绕开放科学，或者更广泛地说，开放研究的运动。开放性的主要目标与RR的潜在驱动因素相同；如果你确保结果可以被复制，那么在这些结果的基础上进行构建是合理的。然而，“开放”更进一步。开放性将RR推到了证明研究有效性的再利用之外——这是一种使研究方法和产生的工件广泛可访问的要求。

使用Code Ocean，已发表的作者可以复制和验证他们的研究结果。然而，Code Ocean对研究人员的主要价值在于能够重用他们发表的同行的工作。

虽然下载代码、相关数据以及相关图形和数字输出的能力给研究人员带来了巨大的优势，但提交出版的研究人员的支持仍然有限。在最近的一篇文章中（计算再现性期刊政策有效性的实证分析），Stodden等人证明了大多数研究人员对RR缺乏参与。该研究认为204篇已发表论文中有56篇是计算可重复的，即使在多次尝试从其余148篇的作者那里获得额外信息后也是如此。该研究发现，25%的已发表论文符合内在计算性，这告诉我们标准仍然是1）不可再现性和2）在大多数已发表的计算研究中重复使用的不那么透明的路径。

在Code Ocean上支持MATLAB语言使万博1manbetx研究人员更容易分享他们的工作。使用这些测试结果，MATLAB用户可以创建新的研究，并将他们的学习成果转化为科学和工业领域的新创新和新产品。Code Ocean的轻松上传和共享平台有可能提高RR合规性出版商、作者和后续研究人员看到了共享的价值。s manbetx 845

什么是计算胶囊?

计算胶囊是代码海洋的基本单元。它们封装了再现和重用研究所需的元素——代码、数据、文档和计算环境的规范。研究人员创建了一个与他们的研究相关的计算胶囊，访问者打开这些胶囊来检查和运行代码。

导出计算胶囊

假设你是神经科学领域的研究人员。你听说了正在进行的模拟大脑纤维模型的研究和开发。

登录到Code Ocean网站后（设置帐户既快捷又免费），您可以浏览已发布的计算胶囊库，或搜索相关术语。如果您搜索“纤维”或“大脑”，您会看到相关结果，如下所示：

第一个搜索结果-纤维源分离–看起来很有前途，可能就是你想要的。点击链接将带您进入Code Ocean IDE，它允许您与代码交互，查看支持文档和可视化，并在Code Ocean的云平台上运行代码。万博1manbetx

要导出这个胶囊，只需从“胶囊”菜单中选择“导出”选项。

选择此选项将初始化下载过程。下载后，您就可以提取下载的包。繁殖。Md，下面是你的读取文件，里面有复制胶囊结果所需的步骤。下一步，解压胶囊，需要您安装Docker和一些使用Docker的经验。

总结

能够查看和重用与已发布研究相关的代码是一个很大的优势。代码和已发表的文章之间具有双向链接，从发布网站上的论文到代码，再从code Ocean胶囊返回到论文，这使得查找和使用不同的相关组件变得很容易。如果您已经发表了一篇与MATLAB代码相关的论文，请考虑将其上传到code Ocean。或访问代码的海洋查看和下载研究相关的MATLAB代码。

您是否使用Code Ocean（或类似平台）满足您的研究和代码共享需求？请告知我们在这里．

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