从GenBank®中提取一些序列，找到开放阅读帧（ORF），然后使用全局和局部对准算法对齐序列。

如何HMM配置文件用于表征蛋白质家族。资料分析是生物信息学的一个重要工具。共用成对比较方法通常不敏感和特异足够用于分析远亲序列。与此相反，隐马尔可夫模型（HMM）的配置文件提供一个更好的选择为涉及一个查询序列的家族的序列的统计描述。HMM序型使用位置特异性评分系统至约保护的是在这些序列的多重比对的各个位置的程度捕获信息。HMM谱分析可用于多序列比对，用于数据库检索，分析序列组成和模式分割，并预测蛋白质结构和通过预测的开放阅读框定位的基因。

使用基本序列操作技术并计算一些有用的序列统计信息。它还说明了如何寻找编码区（例如蛋白质）并追求对它们的进一步分析。

一种方法可用于研究序列对准的重要性。对齐中的身份或阳性的数量不是明显对齐的清晰指标。当对准时，序列的序列将具有与原始序列对齐时的相似百分比的阳性和标识。来自对准的分数是对准的重要性的更好指标。该实施例使用相同的Tay-Sachs疾病相关基因和蛋白质在对准序列对中进行分析。