主要内容

数据导入和导出

从公共存储库和本地文件系统中导入序列数据,包括FastA,GenBank,GenPEPT,EMBL,BLAST,PDB,PFAM,PFAM,CLUSTALW,GCG,GCG,PHYLIP,NEWICK,NEWICK和FASTQ;写入包括FastA,PDB和Newick在内的各种格式

功能

Fastainfo 返回有关Fasta文件的信息
castaread 从Fasta文件中读取数据
fastawrite 使用fasta格式写入文件
GenBankRead 从中读取数据GenBank文件
getgenbank GenBank数据库
Genpeptread 从genpept文件中读取数据
getGenpept 从GenPEPT数据库中检索序列信息
emblread 从EMBL文件读取数据
getembl 从EMBL数据库中检索序列信息
pdbread 从蛋白质数据库(PDB)文件中读取数据
pdbwrite 使用蛋白质数据库(PDB)格式写入文件
GETPDB 从蛋白质数据库(PDB)数据库中检索蛋白质结构数据
fastqinfo 返回有关FastQ文件的信息
fastQRead 从FastQ文件读取数据
fastqwrite 使用FastQ格式写入文件
Blastread 从NCBI BLAST报告文件中读取数据
GetBlast 从NCBI网站检索爆炸报告
MultialignRead 阅读多个序列对齐文件
Multialignwrite 编写多个对准以归档
pfamhmmread 从pfam hmm格式文件中读取数据
Gethmmprof 从PFAM数据库中检索隐藏的Markov模型(HMM)配置文件
Gethmmtree 从PFAM数据库中检索系统发育数据
Gethmmalignment 从PFAM数据库中检索与隐藏Markov模型(HMM)配置文件相关的多个序列对齐
植物 读取系统发育树文件
Phytreewrite 将系统发育的树木对象写成纽瓦克形式的文件

话题