数据导入和导出
从公共存储库和本地文件系统中导入序列数据,包括FastA,GenBank,GenPEPT,EMBL,BLAST,PDB,PFAM,PFAM,CLUSTALW,GCG,GCG,PHYLIP,NEWICK,NEWICK和FASTQ;写入包括FastA,PDB和Newick在内的各种格式
功能
Fastainfo |
返回有关Fasta文件的信息 |
castaread |
从Fasta文件中读取数据 |
fastawrite |
使用fasta格式写入文件 |
GenBankRead |
从中读取数据GenBank文件 |
getgenbank |
从GenBank数据库 |
Genpeptread |
从genpept文件中读取数据 |
getGenpept |
从GenPEPT数据库中检索序列信息 |
emblread |
从EMBL文件读取数据 |
getembl |
从EMBL数据库中检索序列信息 |
pdbread |
从蛋白质数据库(PDB)文件中读取数据 |
pdbwrite |
使用蛋白质数据库(PDB)格式写入文件 |
GETPDB |
从蛋白质数据库(PDB)数据库中检索蛋白质结构数据 |
fastqinfo |
返回有关FastQ文件的信息 |
fastQRead |
从FastQ文件读取数据 |
fastqwrite |
使用FastQ格式写入文件 |
MultialignRead |
阅读多个序列对齐文件 |
Multialignwrite |
编写多个对准以归档 |
pfamhmmread |
从pfam hmm格式文件中读取数据 |
Gethmmprof |
从PFAM数据库中检索隐藏的Markov模型(HMM)配置文件 |
Gethmmtree |
从PFAM数据库中检索系统发育数据 |
Gethmmalignment |
从PFAM数据库中检索与隐藏Markov模型(HMM)配置文件相关的多个序列对齐 |
植物 |
读取系统发育树文件 |
Phytreewrite |
将系统发育的树木对象写成纽瓦克形式的文件 |
话题
- 使用命令行探索核苷酸序列
从DNA序列开始,计算核苷酸含量的统计。
- 使用序列查看器应用探索核苷酸序列
使用图形接口来函数。
- 数据格式和数据库
使用各种MATLAB访问在线数据库和存储库®功能并将数据导入工作空间以进行进一步分析。