显微镜和生物医学成像

由于相机分辨率和灵敏度的提高以及显微镜工作流程的自动化，研究人员面临着越来越大的数据量。这些数据通常包含在分子、细胞或组织水平上连接结构和功能的见解，它可以用来破译生物过程的机制和能量学。科学家需要处理跨越各种显微镜模式的大数据集，包括亮场、荧光、激光共聚焦、AFM、TEM和SEM。

MATLAB^®提供了一个平台，不仅为显微镜，但所有类型的生物医学成像，包括细胞学，组织学，活体成像，和行为跟踪。这个平台是灵活的和可定制的，允许您包含自己独特的工作流和分析，并允许您与其他工具集成。它可以伸缩来处理大数据或组合不同的模式和类型的数据。因此，MATLAB已成为研究人员寻求:

• 开发新的图像处理，统计数据,或机器学习商业软件中没有的技术，也没有与仪器打包。
• 自动化乏味或计算密集型的工作流程，如图像或视频的预处理、分类和分析集合。这包括集合太大，无法放入内存．
• 利用可用的计算资源，包括多核计算机和图形处理器，高性能计算系统,云．
• 将分析和算法部署到大量用户或合作者通过web或独立软件

社区应用程序和工具箱

• Bio-Formats:生命科学图像格式的独立库
• CCD相机的特性: CCD相机的TEM特性
• CellAnimation:显微镜分析的MATLAB框架
• CellSegm:高通量3D细胞分割
• CellTracker:单元格跟踪工具
• 波动显微镜:电子纳米衍射图谱分析
• FocusStack:双光子钙神经元成像
• IceImarisConnector:简单的商品类，方便BITPLANE和MATLAB之间的通信
• 主义:单分子荧光显微镜
• 工具包: Kinetochore运动跟踪
• MATLABStarter:一系列启动函数，用于MATLAB建立多用户环境
• MATrack:延时荧光显微镜
• 微观管理者:开源显微镜软件
• NeuroPG:光学图形生成管道
• 阶段拉伸变换:基于相位拉伸变换的图像特征检测
• plusTipTracker:微管动态跟踪
• QuHAnT:高通量定量组织学
• rFRET:比率荧光显微镜
• ScanBox:同时成像和电生理学
• SFMetrics:生物分子的SFM
• SimToolbox:结构照明荧光显微术
• SPM:功能成像数据平台
• StimServer:双光子钙神经元成像
• 战术:高含量生物成像平台
• TLM-Tracker:延时细胞分割、追踪、谱系分析
• u-track:多粒子跟踪和其他功能

视频和网络研讨会

技术文章

• 分析高分辨率显微镜图像
• 加速发展一种新的单分子定位跟踪技术
• 使用图像处理和统计分析量化细胞散射用于癌症药物研究
• 在理研脑科学研究所用MATLAB加速神经图像分析
• 分水岭变换:图像分割策略
• 访问DICOM文件中的数据
• 自动图像配准MATLAB

用户故事

• 三菱田边制药开发数据分析工具加速药物发现
• 贝丝以色列女执事医疗中心提高MRI准确性
• 加拿大生物诊断研究所开发了一种用于评估烧伤损伤的成像工具

例子和如何做

• 校正非均匀照明
• 基于颜色的K-Means聚类分割
• 利用图像分割检测细胞
• 基于运动的多目标跟踪
• 批处理图像文件的并行